Το Πανεπιστήμιο Αιγαίου ως έγκυρο και υψηλού επιπέδου ακαδημαϊκό – ερευνητικό Ίδρυμα, που δραστηριοποιείται σε σύγχρονα και δυναμικά γνωστικά αντικείμενα, φιλοδοξεί να εμπεδώσει και να ισχυροποιήσει περαιτέρω τη θέση του στο ελληνικό και διεθνές ακαδημαϊκό περιβάλλον και να αυξήσει την ελκυστικότητά του - μέσα σε συνθήκες διεθνούς οικονομικής και κοινωνικής κρίσης - επιδρώντας παράλληλα δυναμικότερα, για την ενίσχυση της θεσμικής, αναπτυξιακής και κοινωνικής συνοχής της πολυνησιωτικής περιοχής, της Ανατολικής Μεσογείου.